Die Österreichische Akademie der Wissenschaften beteiligt sich mit einem Nationalkomitee Alpenforschung seit dem Jahr 2000 an der wissenschaftlichen Kooperation und Koordination der Forschungsaufgaben im Alpenraum. Das Nationalkomitee hat sich mit anderen international führenden Akademien und Forschungseinrichtungen zu einem Internationalen Wissenschaftlichen Komitee Alpenforschung zusammengeschlossen (International Scientific Committee on Alpine Research, ISCAR; Sitz: Bern).

Vom Bundesministerium für Wissenschaft, Bildung und Kunst kofinanziert, fördert das Österreichische Nationalkomitee Alpenforschung Projekte, die inhaltlich und methodisch innovativ und interdisziplinär vernetzt sind. Eines der ersten dieser Vorhaben war das Projekt RAUMALP – Raumstrukturelle Probleme im Alpenraum, das von einem Konsortium von sieben österreichischen Forschungseinrichtungen interdisziplinär durchgeführt wurde und vom Institut für Stadt- und Regionalforschung (ISR) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften unter seinem Direktor Axel Borsdorf koordiniert wurde.

Die vielfältigen und z.T. bahnbrechenden Ergebnisse dieses Forschungsprojektes, ein Atlas zum „Neuen Bild Österreichs“, ein webgestütztes, interaktives Alpeninformationssystem, zahlreiche Diplomarbeiten, Disserationen und eine Habilitation, sowie die große Präsenz in den Medien (Fernsehen, Presse, populärwissenschaftliche Magazine) und internationalen Fachjournalen bewog die Akademie dazu, den neuen Forschungssschwerpunkt zu institutionalisieren.

Hierzu wurde der Standort Innsbruck, inmitten der österreichischen Alpen, ausgewählt, wo bereits zwei Akademieinstitute bestanden. Zunächst wurde mit Wirkung vom 1.04.2005 eine Arbeitsgruppe des ISR als "Internationale Gebirgsforschung" installiert und in dem erst 2004/2005 in Betrieb genommenen ICT-Technologiepark untergebracht.

Ebenso wie RAUMALP wurde das GLORIA-Netzwerk (Global Observation Research Initiative in Alpine Environments), angesiedelt an der Universität Wien, im Rahmen der MAB- und IGBP-Forschung von Seiten der ÖAW über Jahre massiv unterstützt. Wesentlich im Rahmen des 5. Europäischen Forschungs-Rahmenprogrammes entwickelt, ist GLORIA heute eines der wenigen operativen globalen Monitoring-Netzwerke zur Beobachtung der Auswirkungen des Klimawandels auf die Biodiversität. Um für GLORIA eine Langfristperspektive zu sichern, erfolgte die Integrierung in die IGF als eigenständiger Teilbereich mit Standort Wien. Basis ist ein Kooperationsvertrag für GLORIA zwischen ÖAW und Universität Wien. Details zur Geschichte von GLORIA in www.gloria.ac.at.

Auf Beschluss der Gesamtakademie wurde diese Arbeitsgruppe mit Wirkung vom 01.04.2006 an als Forschungsstelle selbständig. Die Leitung wurde Prof. Borsdorf übertragen, zu seinem Stellvertreter wurde Prof. Grabherr bestimmt. Am 01.04.2009 wurde die Forschungsstelle in ein Insitut der ÖAW umgewandelt. Axel Borsdorf wurde als Direktor bestätigt, Georg Grabherr und Johann Stötter als Stellvertreter benannt. In der Akademieratssitzung vom 31.10.2012 wurde die Entfristung des IGF beschlossen und so eine dauerhafte Basis für die Arbeit des Instituts geschaffen. Damit einher geht eine Umbenennung des Instituts in Interdisziplinäre Gebirgsforschung.

Das Institut bildet am Standort Innsbruck gemeinsam mit der Universität (Institut für Geographie) und dem alpS – Centre for Climate Change Adaptation Technologies die "Innsbruck Mountain Competence". Die Partner organisieren u.a. die im Vier-Jahres-Abstand veranstaltete Tagung Managing Alpine Future.